بدأت الهيئة النقابية في منتصف السبعينات كلجان تمهيدية تمثل الأطباء السودانيين بالمملكة المتحدة وايرلندا المبتعثين من السودان.
في العام ١٩٨٥، وفِي ظل الحماس والتطلع الكبيرين بعد إنتفاضة أبريل، تمّت مشاورات مكثفة لإعادة تكوين النقابة في شكل هيئة نقابية منتخبة للأطباء السودانيين في المملكة المتحدة وبصورة أكثر تنظيماً. تم إعتماد المقترح بواسطة الجمعية العمومية يوم ٣٠ نوفمبر ١٩٨٥ في اجتماع عُقد بلندن بحضور د. طارق اسماعيل والذي كان ممثلاً للجنة المركزية لنقابة أطباء السودان آنذاك؛وأنتُخب في ذات الاجتماع د. الخاتم الياس نقيباً. بعدها صارت الهيئة النقابية بالمملكة المتحدة إحدى فرعيات نقابة أطباء السودان الأم.
في العام ٢٠١٠، كون الأطباء السودانيون بجمهورية آيرلندا نقابة منفصلة وتم تعديل دستور الهيئة النقابية ليعكس هذا التغيير.
ظلت الهيئة النقابية للأطباء السودانيين بالمملكة المتحدة لأكثر من خمسة وثلاثين عاماً تحافظ على الإرث والتقاليد النقابية، وتعاقب على رئاستها كل من د. أحمد قاسم، د. أحمد عباس، د. نصيف منصور، د. سهير الشوية، د. هشام الخضر، د. سارة عبدالجليل ود. أحمد الليثي.